Alja Brglez je bila vodja kabineta predsednika Republike Slovenije Boruta Pahorja v obeh njegovih mandatih od 2012 do 2022. Z nekdanjim predsednikom Pahorjem nepretrgano sodeluje od volilne kampanje leta 2012 - ko je bil Borut Pahor izvoljen in je nato 23. decembra 2012 zaprisegel kot predsednik republike, je postala vodja njegovega kabineta.

V tem času je delovala tudi kot svetovalka predsednika za mednarodne odnose (od junija 2017 do avgusta 2019). Kot vodja kabineta je usmerjala vse aktivnosti predsednika, predvsem pa se je osredotočala na naslednja vsebinska področja: narodna sprava, mednarodno sožitje, projekt Slovenija 2030 in podnebne spremembe - od ustanovitve v letu 2019 je bila generalna sekretarka Stalnega odbora predsednika republike za podnebno politiko. Italijanski predsednik Mattarella ji je leta 2022 podelil državno odlikovanje Republike Italije.

Je ustanoviteljica in nekdanja dolgoletna direktorica ter znanstvena sodelavka Inštituta za civilizacijo in kulturo. V času, ko je to mislišče vodila kot direktorica, ji je Svetovni gospodarski forum WEF podelil naziv "Global Leader for Tomorrow" (2003) in nato še "Young Global Leader" (2005). V Sloveniji je med pionirji trajnostnih projektov, ki se osredotočajo predvsem na trajnostno mobilnost in ravnanje z odpadki. Projekt ICK Egozero je bil leta 2012 nagrajen s posebno nagrado na WTM London in leta 2012 predstavljen na ITB Berlin.

Od marca 1999 do januarja 2003 je bila direktorica Urada vlade za informiranje. V tem času je bila vodja kabineta takratnega predsednika vlade dr. Janeza Drnovška. Bila je predsednica Sveta za promocijo Slovenije, ki ga je leta 2002 na njeno pobudo ustanovila Drnovškova vlada. Vodila je informacijsko/komunikacijsko kampanjo za referenduma o vstopu Slovenije v NATO in EU, pa tudi informiranje in komuniciranje nekaterih dogodkov zgodovinskega pomena: prvi obisk predsednika ZDA Billa Clintona v regiji junija 1999, obisk papeža Janeza Pavla II. v Sloveniji septembra 1999 ter srečanje ruskega in ameriškega predsednika Vladimirja Putina in Georgea Busha v Sloveniji junija 2002.